新冠肺炎疫情发生后，巴彦淖尔市医院作为定点救治医院与市传染病院整合实行一体化管理，利用两院优势资源，搭建高效有序防控救治体系，在提高患者救治效率、防止疫情蔓延扩散、降低其他医疗机构接诊压力、保障医务人员零感染方面发挥了积极有效作用，助力巴彦淖尔市打赢疫情防控救治攻坚战。
站在全市防控救治战略需求的高度，结合巴彦淖尔市医院与市传染病院现状，市医院提出两院一体化管理新模式，在“行政管理、人力资源管理、财务管理、物资采购、后勤保障、医疗管理、护理管理”等方面全面对接、统筹协调，实现“一院两区”一体化管理，确保防控救治工作高效、有序进行。科学利用两院现有资源，明确划工作职能，即传染病院区集中收治管理全市疑似、确诊患者，市医院本院区主要排查、留观发热患者，以此合理疏导群众就诊，避免交叉感染，同时保障其他医院全力应对节后就诊高峰。
